今年山区大雨不止，河水暴涨，河道再次更改往北，冲破了原来的堤岸，把附近的几十个村庄都淹没了，受灾人数超过了3000。

由于军队行动迅速，后续措施跟进的及时，除了在水灾中淹死的300多人外，被迫逃离家乡的灾民并没有再继续受难，而是就近安排在南投、员林等地搭建的临时窝棚中。

灾民被军队集中管理，口粮、药品、饮水等都是按时发放，一直到洪水逐渐散去，也没有发生大规模的疫情和骚乱。离家了2个多月的灾民在军队的帮助下，纷纷返回家乡，由当地临时成立的救灾点发放粮食和种子，并鼓励灾民向银行借贷无息贷款，以度过灾后最难的一段时间。

从灾害发生的6月份，到洪水退却灾民陆续返乡完毕的8月份，两个多月的时间里，军队、当地政府、义务救灾民众和政府各个部门的检查小组由各自为战到积极配合，不仅完成了救灾防疫的任务，还总结出很多经验和教训。

任何事情都有两面，当全台湾的军民都关注着救灾的成绩的时候，一份秘密报告就放到了刘芾的桌上。报告是由内务部提交的，报告内容就是在这次救灾活动中，出现的几个异常情况。牵涉其中的有军队部门的官兵、地方政府的工作人员和当地的几个地主，职位最高的是一个陆军团部的后勤官，他和地方政府及地主勾结，倒卖灾民的口粮，然后以次充好，再发放给灾民。其他的如趁机造谣诋毁政府的、聚集灾民哄抢救灾物资的也有几个，不过由于发现及时，损失不大。

刘芾早就料到了这个结果，所以并不意外，只要有人的地方，就有这些东西。至于怎么处理，刘芾倒是想了半天，最后决定，与其偷偷摸摸的处决，不如公开枪毙。虽然这些罪犯大部分是政府人员，公开以后对政府的名声有一些影响，但是谁能没错误啊，能及时纠正，正面意义就抵消了负面影响。

8月20日，在彰化县的救灾表功大会上，21名在救灾中有各种危害国家人民行为的人员，被公开宣判并当场处决，所有非法所得全部充公，其他涉案不严重的一部分被发送到矿山劳动改造，一部分接受教育，除去公职，自此，1898年的大水灾算是画上了一个完满的句号。

水灾虽然过去了，灾后重建也在进行中，但是由这个水灾引发的全台水利设施缺失问题，又摆上了刘芾的桌面。由于台湾的地形所致，平原大多在岛的四周，而岛中央是一条从南到北的大山脉，再加上台湾丰沛的降水量，每年夏季都有规模不同的水灾发生。

但是台湾的水利设施很落后，完善的水库一个没有，山中的栏坝也大多日久失修。为了从根本上预防以后再发生大规模的水害，刘芾又从中央和地方抽调了100多人，成立了台湾水利部。并计划在今后的几年中，在中央山脉的几条主要河溪上修建水库。

这次水灾和救灾规模虽然不算很大，但是新政府在关心民生和打击贪腐两个方面都有出色表现，这给刚刚换届的新政府和新总统本人都赢得了不少喝彩，台湾岛内对政府的质疑声也逐渐消失，在加上前一段和英法等国的谈判中并无卖国辱国举动，台湾新政府的声望进一步得到提高。